MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX chromosome

Total Repeats: 20291

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000117	ATG	2	6	1336	1341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604719
2	NC_000117	GTG	2	6	1342	1347	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15604719
3	NC_000117	TCC	2	6	1351	1356	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15604719
4	NC_000117	AGC	2	6	1365	1370	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15604719
5	NC_000117	T	6	6	1384	1389	0 %	100 %	0 %	0 %	15604719
6	NC_000117	AGC	2	6	1392	1397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15604719
7	NC_000117	AAG	2	6	1403	1408	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604719
8	NC_000117	TAC	2	6	1441	1446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15604719
9	NC_000117	GCT	2	6	1451	1456	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604719
10	NC_000117	AGTA	2	8	1489	1496	50 %	25 %	25 %	0 %	15604719
11	NC_000117	AAC	2	6	1549	1554	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15604719
12	NC_000117	AGA	2	6	1561	1566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604719
13	NC_000117	AGA	2	6	1817	1822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604720
14	NC_000117	ATC	2	6	1824	1829	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15604720
15	NC_000117	TGC	2	6	1844	1849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604720
16	NC_000117	ATGA	2	8	1893	1900	50 %	25 %	25 %	0 %	15604720
17	NC_000117	GATA	2	8	1931	1938	50 %	25 %	25 %	0 %	15604720
18	NC_000117	CAT	2	6	1968	1973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15604720
19	NC_000117	AGA	2	6	1997	2002	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604720
20	NC_000117	AAG	2	6	2026	2031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604720
21	NC_000117	GGA	2	6	2061	2066	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15604720
22	NC_000117	AG	3	6	2153	2158	50 %	0 %	50 %	0 %	15604721
23	NC_000117	ATC	2	6	2190	2195	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15604721
24	NC_000117	TTTC	2	8	2228	2235	0 %	75 %	0 %	25 %	15604721
25	NC_000117	ATA	2	6	2340	2345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604721
26	NC_000117	AAC	2	6	2365	2370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15604721
27	NC_000117	GGT	2	6	2419	2424	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15604721
28	NC_000117	AAT	2	6	2525	2530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604721
29	NC_000117	TTC	2	6	2560	2565	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15604721
30	NC_000117	GCA	2	6	2579	2584	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15604721
31	NC_000117	GGA	2	6	2627	2632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15604721
32	NC_000117	CAG	2	6	2646	2651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15604721
33	NC_000117	GTT	2	6	2663	2668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604721
34	NC_000117	GGT	2	6	2755	2760	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15604721
35	NC_000117	GA	3	6	2821	2826	50 %	0 %	50 %	0 %	15604721
36	NC_000117	T	6	6	2828	2833	0 %	100 %	0 %	0 %	15604721
37	NC_000117	AAG	2	6	2913	2918	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604721
38	NC_000117	ATT	2	6	2975	2980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604721
39	NC_000117	TTG	2	6	3027	3032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604721
40	NC_000117	CATG	2	8	3109	3116	25 %	25 %	25 %	25 %	15604721
41	NC_000117	AAG	2	6	3138	3143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604721
42	NC_000117	AAG	2	6	3153	3158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604721
43	NC_000117	CAG	2	6	3195	3200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15604721
44	NC_000117	GCT	2	6	3266	3271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604721
45	NC_000117	TGTGA	2	10	3281	3290	20 %	40 %	40 %	0 %	15604721
46	NC_000117	TTCC	2	8	3414	3421	0 %	50 %	0 %	50 %	15604721
47	NC_000117	AAG	2	6	3432	3437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604721
48	NC_000117	CAG	2	6	3482	3487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15604721
49	NC_000117	GGA	2	6	3569	3574	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15604721
50	NC_000117	AAT	2	6	3579	3584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604721
51	NC_000117	TTGAA	2	10	3637	3646	40 %	40 %	20 %	0 %	15604722
52	NC_000117	ATT	2	6	3659	3664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604722
53	NC_000117	TGA	2	6	3689	3694	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604722
54	NC_000117	TTTA	2	8	3812	3819	25 %	75 %	0 %	0 %	15604722
55	NC_000117	GTA	2	6	3921	3926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604722
56	NC_000117	GAGAA	2	10	3931	3940	60 %	0 %	40 %	0 %	15604722
57	NC_000117	AGA	2	6	3968	3973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604722
58	NC_000117	ATCC	2	8	4112	4119	25 %	25 %	0 %	50 %	15604722
59	NC_000117	GAA	2	6	4152	4157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604722
60	NC_000117	CGT	2	6	4284	4289	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604722
61	NC_000117	A	7	7	4328	4334	100 %	0 %	0 %	0 %	15604722
62	NC_000117	GTT	2	6	4335	4340	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604722
63	NC_000117	GAAAA	2	10	4368	4377	80 %	0 %	20 %	0 %	15604722
64	NC_000117	A	7	7	4374	4380	100 %	0 %	0 %	0 %	15604722
65	NC_000117	TGA	2	6	4472	4477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604722
66	NC_000117	AT	3	6	4514	4519	50 %	50 %	0 %	0 %	15604722
67	NC_000117	TTACA	2	10	4523	4532	40 %	40 %	0 %	20 %	15604722
68	NC_000117	TTG	2	6	4567	4572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604722
69	NC_000117	TTC	2	6	4708	4713	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15604722
70	NC_000117	TCT	2	6	4800	4805	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15604722
71	NC_000117	AGA	2	6	4820	4825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604722
72	NC_000117	GTT	2	6	4847	4852	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604722
73	NC_000117	GACG	2	8	4859	4866	25 %	0 %	50 %	25 %	15604722
74	NC_000117	GGT	2	6	4895	4900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15604722
75	NC_000117	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	15604722
76	NC_000117	TTGG	2	8	4962	4969	0 %	50 %	50 %	0 %	15604722
77	NC_000117	CTC	2	6	4999	5004	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15604722
78	NC_000117	AGC	2	6	5030	5035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15604722
79	NC_000117	ATT	2	6	5149	5154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604723
80	NC_000117	TCT	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15604723
81	NC_000117	GCT	2	6	5213	5218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604723
82	NC_000117	GTCTT	2	10	5219	5228	0 %	60 %	20 %	20 %	15604723
83	NC_000117	GAT	2	6	5248	5253	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604723
84	NC_000117	TC	3	6	5264	5269	0 %	50 %	0 %	50 %	15604723
85	NC_000117	GA	3	6	5275	5280	50 %	0 %	50 %	0 %	15604723
86	NC_000117	ACG	2	6	5286	5291	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15604723
87	NC_000117	GAA	2	6	5310	5315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604723
88	NC_000117	TGGA	2	8	5323	5330	25 %	25 %	50 %	0 %	15604723
89	NC_000117	AT	3	6	5379	5384	50 %	50 %	0 %	0 %	15604723
90	NC_000117	AGA	3	9	5387	5395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604723
91	NC_000117	GCT	2	6	5396	5401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604723
92	NC_000117	AGA	2	6	5405	5410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604723
93	NC_000117	TGG	2	6	5441	5446	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15604723
94	NC_000117	AGA	3	9	5459	5467	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604723
95	NC_000117	GGA	2	6	5468	5473	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15604723
96	NC_000117	TG	3	6	5532	5537	0 %	50 %	50 %	0 %	15604723
97	NC_000117	T	6	6	5610	5615	0 %	100 %	0 %	0 %	15604723
98	NC_000117	TCA	2	6	5653	5658	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15604723
99	NC_000117	GGA	2	6	5690	5695	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15604723
100	NC_000117	CTTT	2	8	5700	5707	0 %	75 %	0 %	25 %	15604723
101	NC_000117	CTT	2	6	5750	5755	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15604723
102	NC_000117	CTG	2	6	5756	5761	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604723
103	NC_000117	CAG	2	6	5911	5916	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15604723
104	NC_000117	AG	3	6	5940	5945	50 %	0 %	50 %	0 %	15604723
105	NC_000117	GGGA	2	8	6215	6222	25 %	0 %	75 %	0 %	15604723
106	NC_000117	AGG	2	6	6440	6445	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15604724
107	NC_000117	GAA	2	6	6484	6489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604724
108	NC_000117	GGTG	2	8	6518	6525	0 %	25 %	75 %	0 %	15604724
109	NC_000117	AAAT	2	8	6584	6591	75 %	25 %	0 %	0 %	15604724
110	NC_000117	GCA	2	6	6748	6753	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15604724
111	NC_000117	AAG	2	6	6789	6794	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604724
112	NC_000117	TGC	2	6	6822	6827	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604724
113	NC_000117	TCG	2	6	7315	7320	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604725
114	NC_000117	TCC	2	6	7358	7363	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15604725
115	NC_000117	GTT	2	6	7466	7471	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15604725
116	NC_000117	AC	3	6	7648	7653	50 %	0 %	0 %	50 %	15604725
117	NC_000117	T	6	6	7684	7689	0 %	100 %	0 %	0 %	15604725
118	NC_000117	TGGTA	2	10	7691	7700	20 %	40 %	40 %	0 %	15604725
119	NC_000117	AAGC	2	8	7821	7828	50 %	0 %	25 %	25 %	15604725
120	NC_000117	TTA	2	6	7836	7841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604725
121	NC_000117	A	6	6	7968	7973	100 %	0 %	0 %	0 %	15604725
122	NC_000117	T	6	6	8053	8058	0 %	100 %	0 %	0 %	15604725
123	NC_000117	TTC	2	6	8159	8164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15604725
124	NC_000117	ATTG	2	8	8219	8226	25 %	50 %	25 %	0 %	15604726
125	NC_000117	GAA	2	6	8303	8308	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604726
126	NC_000117	AG	3	6	8391	8396	50 %	0 %	50 %	0 %	15604726
127	NC_000117	ACC	2	6	8431	8436	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15604726
128	NC_000117	CTT	2	6	8484	8489	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15604726
129	NC_000117	CT	4	8	8510	8517	0 %	50 %	0 %	50 %	15604726
130	NC_000117	GAG	2	6	8564	8569	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15604726
131	NC_000117	ATA	2	6	8581	8586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	15604726
132	NC_000117	GT	3	6	8592	8597	0 %	50 %	50 %	0 %	15604726
133	NC_000117	AGG	2	6	8605	8610	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15604726
134	NC_000117	AGCG	2	8	8686	8693	25 %	0 %	50 %	25 %	15604726
135	NC_000117	AAAG	2	8	8707	8714	75 %	0 %	25 %	0 %	15604726
136	NC_000117	GAA	2	6	8785	8790	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15604726
137	NC_000117	CAG	2	6	8801	8806	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15604726
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154	NC_000117	ATGG	2	8	9583	9590	25 %	25 %	50 %	0 %	15604727
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269	NC_000117	TAT	2	6	15466	15471	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604732
270	NC_000117	AAAT	2	8	15560	15567	75 %	25 %	0 %	0 %	15604732
271	NC_000117	TCA	2	6	15697	15702	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15604732
272	NC_000117	TTA	2	6	15705	15710	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	15604732
273	NC_000117	GTA	2	6	15714	15719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15604732
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275	NC_000117	TC	3	6	15785	15790	0 %	50 %	0 %	50 %	15604732
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282	NC_000117	TCA	2	6	16244	16249	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15604733
283	NC_000117	GA	3	6	16314	16319	50 %	0 %	50 %	0 %	15604733
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398	NC_000117	TTCT	2	8	23464	23471	0 %	75 %	0 %	25 %	15604737
399	NC_000117	TGC	2	6	23528	23533	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15604737
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